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Descripción
El dengue constituye una de las enfermedades virales transmitidas por artrópodos de mayor impacto en regiones tropicales y subtropicales. La proteína de envoltura E del virus desempeña un papel fundamental en los procesos de reconocimiento celular, unión y entrada viral, además de representar el principal blanco de anticuerpos neutralizantes. Estudios estructurales recientes han demostrado que la disposición espacial de los epítopos sobre la superficie viral influye significativamente en la accesibilidad y el reconocimiento por parte del sistema inmunitario, proporcionando información valiosa para el diseño racional de nuevas estrategias terapéuticas.
Tomando como base un trabajo previo en la literatura, que realizó análisis estructurales de epítopos de la proteína E de los cuatro serotipos del virus del dengue (DENV-1, DENV-2, DENV-3 y DENV-4) junto con el anticuerpo MAb C10, el presente trabajo se centra en explorar el comportamiento dinámico de tales sistemas proteína-anticuerpo y analizar las interacciones en regiones críticas de la proteína E que muestran conservación entre los diferentes serotipos. A través de este enfoque, se busca analizar la viabilidad de péptidos basados en las regiones del anticuerpo para el eventual diseño de inhibidores del virus del dengue.
Para esta etapa exploratoria, como primer paso se emplearon herramientas de acoplamiento molecular para seleccionar péptidos candidatos que potencialmente actúen en la región de interés. Posteriormente, estos péptidos fueron sometidos a simulaciones de dinámica molecular para evaluar su estabilidad estructural y comportamiento conformacional a lo largo del tiempo. Todas las simulaciones se ejecutaron en el clúster de alto rendimiento del NIDTEC-FPUNA, empleando un tiempo total de producción de 500 ns. El análisis de las trayectorias incluye parámetros estructurales como RMSD, RMSF y puentes de hidrógeno, con el propósito de caracterizar la estabilidad de las interacciones y la dinámica de las regiones involucradas en el reconocimiento proteína-anticuerpo o proteína-péptido.
Se espera que los resultados contribuyan a la identificación de péptidos capaces de interactuar de manera estable con regiones críticas de la proteína E conservadas entre los diferentes serotipos, proporcionando información relevante para futuras estrategias de diseño de inhibidores.
Palabras clave: Dengue, Proteína E, Anticuerpo, epítopos neutralizantes, péptidos inhibidores, dinámica molecular, DENV.