Ponente
Descripción
La creciente adopción de tecnologías de secuenciación genómica completa (Whole Genome Sequencing, WGS) ha impulsado una generación masiva de datos biológicos con alto potencial para la investigación y vigilancia de microorganismos de importancia clínica. Sin embargo, la transformación de estos datos en conocimiento biológico útil continúa representando un desafío debido a la fragmentación de herramientas bioinformáticas, la complejidad de los flujos de análisis y la necesidad de experiencia técnica especializada para interpretar resultados genómicos. Esta situación limita la incorporación efectiva de la genómica en laboratorios de salud pública, especialmente en países con recursos computacionales y humanos limitados.
En respuesta a esta problemática, se desarrolló CABGen, una plataforma bioinformática orientada a la integración, automatización y gestión de datos genómicos bacterianos. La plataforma fue diseñada para consolidar múltiples herramientas bioinformáticas dentro de un entorno computacional único, permitiendo procesar datos biológicos de manera reproducible, escalable y accesible. El objetivo principal es facilitar la conversión de datos de secuenciación en información biológica estructurada que pueda ser utilizada para la caracterización molecular de bacterias y el fortalecimiento de programas de vigilancia genómica.
CABGen integra de forma automatizada diversas etapas del análisis bioinformático, incluyendo control de calidad de lecturas, ensamblado genómico, identificación taxonómica, detección de genes de resistencia antimicrobiana, identificación de factores de virulencia, tipificación molecular y generación de reportes. Los resultados generados son almacenados en una base de datos NoSQL diseñada para gestionar grandes volúmenes de información biológica heterogénea, permitiendo la trazabilidad de los análisis y la recuperación eficiente de datos para estudios posteriores. Esta arquitectura favorece la integración de resultados provenientes de diferentes herramientas y facilita la construcción de repositorios genómicos orientados a la vigilancia epidemiológica.
Desde una perspectiva bioinformática, CABGen constituye una solución para la interoperabilidad de herramientas y datos biológicos, reduciendo la necesidad de ejecutar procesos independientes y minimizando errores asociados al procesamiento manual. La plataforma implementa flujos de trabajo estandarizados que garantizan la reproducibilidad de los análisis y permiten la incorporación de nuevas metodologías bioinformáticas de manera modular. Asimismo, dispone de una interfaz web que simplifica la visualización e interpretación de resultados complejos, promoviendo el acceso a tecnologías genómicas por parte de profesionales de laboratorio sin formación especializada en análisis computacional.
La validación de la plataforma se realiza utilizando genomas bacterianos generados por el Laboratorio Central de Salud Pública (LCSP) de Paraguay y la Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) de Brasil. Los análisis permiten evaluar la capacidad de CABGen para integrar datos biológicos, automatizar procesos bioinformáticos y generar información relevante para la caracterización genómica de bacterias de importancia clínica.
Los resultados preliminares demuestran que la integración de herramientas bioinformáticas en una plataforma unificada mejora la gestión de datos genómicos, optimiza los tiempos de análisis y favorece la generación de evidencia molecular para la vigilancia bacteriana. CABGen representa una contribución al desarrollo de infraestructuras bioinformáticas orientadas al aprovechamiento de datos biológicos a gran escala, fortaleciendo las capacidades de análisis genómico en entornos de salud pública y promoviendo una utilización más eficiente de la información generada por tecnologías de secuenciación de nueva generación.