Ponente
Descripción
El superenrollamiento del ADN circular es un factor determinante en estudios basados en electroforesis en geles de agarosa, una técnica clave para separar y diferenciar topoisómeros de ADN circular. Sin embargo, el comportamiento electroforético de las familias topológicas de los intermediarios de replicación de ADN circular aún no ha sido completamente caracterizado. En este trabajo nos proponemos analizar, mediante dinámica molecular, el efecto del superenrollamiento y del estadío de replicación sobre la movilidad electroforética de intermediarios de replicación de moléculas de ADN circular. Para ello, se empleará el modelo coarse-grained oxDNA2 para simular moléculas de ADN circular en distintos estadios de replicación y con densidades de superenrollamiento (σ) ≈ 0, -0,02, -0,06 y -0,08. Las moléculas serán insertadas en una red de beads que representará un gel de agarosa y serán sometidas a una fuerza externa uniforme y unidireccional. Las simulaciones serán ejecutadas utilizando un termostato de John y una concentración salina de 0.5 M, considerando además distintas concentraciones de agarosa y diferentes intensidades de fuerza aplicada. Se espera que la movilidad electroforética aumente con la intensidad de la fuerza externa y disminuya con la concentración de agarosa, y que estas relaciones se encuentren moduladas tanto por el grado de superenrollamiento como por el estadío de replicación de la molécula. Como perspectiva a futuro, este enfoque permitirá contrastar y analizar observaciones experimentales relacionadas con la influencia de la conformación molecular y la compactación topológica sobre la movilidad electroforética. Asimismo, se espera contribuir a la identificación de señales observadas experimentalmente que podrían corresponder a determinadas familias de topoisómeros de ADN circular y sus intermediarios de replicación.